FAQ Thermocycleurs


Q : Qu'est-ce qu'un thermocycleur à gradient ?

R : Un thermocycleur à gradient permet, dans un protocole, de programmer un écart de températures de sorte que la température varie à travers le bloc. Quand la température est spécifiée et que le gradient est appliqué, chaque colonne atteindra une température différente, avec la température de consigne au centre du bloc, la température la plus basse à gauche, et la plus haute à droite. La gamme du gradient correspond à la différence des températures sur tout le bloc. Par exemple, si la température de consigne est de 60 °C et le gradient de 10 °C, alors les températures s'échelonneront d'environ 55 °C à 65 °C de gauche à droite.

Q : Pourquoi un gradient de température est-il nécessaire ?

R : La température de recuit des amorces spécifiques utilisées dans l'amplification de l'ADN nécessite souvent une optimisation. Au lieu de procéder à de nombreux tests avec différentes températures de recuit, le thermocycleur à gradient permet de tester jusqu'à 12 températures de recuit simultanément.

Q : Pourquoi le gradient, selon le calculateur, n'est-il pas totalement linéaire d'un bout à l'autre ?

R : Les valeurs données par le calculateur du gradient sont le plus proches possible de celles qui seront effectivement atteintes dans le bloc. Les valeurs à chaque extrémité du gradient ont tendance à ne pas correspondre exactement aux consignes programmées par l'utilisateur en raison des effets de bord. La colonne 12 est toujours plus basse en raison des effets de la thermodynamique : s'il n'y a pas de puits de l'autre c#té, le bord subira une perte de chaleur. Les températures affichées pendant l'utilisation sont celles qui ont été programmées par l'utilisateur. De cette manière, il est plus aisé de visualiser rapidement le gradient programmé. Cette question est détaillée dans la note d'application : Optimisation et gradient A01-001A PCR

Q : Qu'est-ce que le "démarrage à chaud"?

R : Le démarrage à chaud est utilisé pour arrêter la machine à une température particulière, généralement autour de 70 °C, après le modèle initial de dénaturation. Ceci permet l'ajout manuel d'ADN polymérase Taq inchangée, qui pourrait subir une perte d'activité si elle était ajoutée durant la phase dénaturation initiale de 5 mn. La Taq activée par la chaleur ou les enzymes de démarrage à chaud ne nécessitent pas cette étape.

Q : Qu'est-ce que le "refroidissement des échantillons" ?

R : Le refroidissement des échantillons, quand il est possible, peut être appliqué durant la phase de pré-chauffage du couvercle. Ceci maintient la température du bloc à 4 °C tandis que le couvercle est chauffé, ce qui évite une augmentation de température de l'échantillon due au réchauffement du couvercle avant que ne commence le programme du thermocycleur.

Q : À quoi sert la fonction "Pause" au début du programme ?

R : Certains utilisateurs préfèrent pré-chauffer le couvercle avant de placer les échantillons dans l'appareil. La fonction pause est utilisée pour arrêter l'appareil après 4 minutes de préchauffage du couvercle. Une alarme indique que l'appareil est prêt à recevoir les tubes d'échantillon ou la plaque.

Q : Qu'est-ce que le temps incrémenté et la fonction température ?

R : Le temps incrémenté et la fonction température sont utilisés pour augmenter ou réduire le temps ou la température de manière progressive selon le nombre de cycles dans l'étape. L'incrémentation du temps d'extension est utilisée avec le "Long PCR", c'est-à-dire quand de grands fragments modèles doivent être amplifiés (cf 27 kb d'ADN lambda, 40 kb d'ADN génomique). La température décrémentée est utilisée dans des protocoles tels que le "Touchdown PCR" quand le premier cycle commence avec une température de recuit élevée. Selon le nombre de cycles, la température décroît graduellement. Ceci permet d'assurer que seulement le produit spécifié est amplifié.

Q : De quel matériau sont faits les blocs ?

R : Les blocs sont constitués d'un alliage d'aluminium anodisé.

Q : Puis-je utiliser un produit adhésif pour sceller mes plaques ?


R : Généralement, nous ne recommandons pas l'utilisation d'un film adhésif parce que ceci accroît le risque d'évaporation de l'échantillon. Cependant, si cela est indispensable, le tapis en caoutchouc siliconé fourni avec les modèles TC-4000 et TC-5000 peut être utilisé. Il est également conseillé, avant d'utiliser des réactifs onéreux, de tester l'étanchéité. Pour ceci, versez 25 Ál d'eau dans plusieurs puits, scellez la plaque et soumettez-la à un programme de cycles standard. À la fin du test, mesurez le volume en utilisant une pipette. Une perte supérieure à 15 % indique l'évaporation de l'échantillon et une fuite de vapeur.

Q : Quel est le plus petit volume d'échantillon que je peux utiliser pour un test ?

R : Dans les manuels, nous recommandons des volumes compris entre 10 et 50 Ál. Il est cependant possible d'utiliser des volumes moindres si la plaque ou le tube est scellé correctement et, le cas échéant, si le tapis en caoutchouc siliconé est bien utilisé sur le dessus de la plaque, avec le couvercle bien fermé. Nous recommandons un test simple avec des échantillons d'eau afin d'observer une quelconque perte dans l'échantillon. Versez un volume d'eau dans les puits, scellez, et démarrez le programme. À la fin, centrifugez la plaque et mesurez à nouveau l'échantillon en utilisant une pipette. Pour de petits volumes, nous recommandons des plaques à profil bas scellées avec un scellage à chaud ou des bouchons. Le format à profil bas réduit la condensation sur la paroi du tube, empêchant ainsi la réduction du volume PCR. Les produits à profil bas sont surtout recommandé pour une utilisation avec des volumes de réaction inférieurs à 20 Ál.

Q : Quel est le plus grand volume que je peux utiliser pour un test ?

R : L'échantillon dans son récipient doit être entouré par la partie métallique du bloc chauffant pour un transfert de chaleur efficace. Il est probable que pour des volumes d'échantillons plus importants, les temps de maintien à chaque étape devront être augmentés pour permettre à la totalité de l'échantillon d'atteindre la température de consigne. Cela nécessitera peut-être d'optimiser de nouveau la réaction pour les volumes d'échantillon plus importants.
Q : Comment puis-je ajuster la pression du couvercle chauffé pour mes tubes ou mes plaques ?

R : Avec le modèle TC-PLUS, aucun ajustement n'est nécessaire. Le couvercle applique automatiquement la pression appropriée. Pour les thermocycleurs dotés de disques d'ajustements, faites tourner le disque dans le sens anti-horaire jusqu'à ce qu'il n'y ait plus de pression sur les récipients, puis fermez le couvercle et verrouillez-le. Pour obtenir la pression appropriée, tournez délicatement le disque dans le sens horaire jusqu'à ce qu'il soit possible de sentir la pression appliquée. Enfin, tournez le disque d'un quart de tour. Le couvercle exerce maintenant la pression appropriée pour l'utilisation des récipients. Avec le modèle TC-3000, le couvercle ne peut pas être ajusté. Nous recommandons donc l'utilisation de tubes à bouchon convexe de 0,2 ml pour un bon contact avec le couvercle. Pour tous les modèles de thermocycleurs, assurez-vous que tous les récipients utilisés dans le bloc soient de la même hauteur et qu'ils soient disposés régulièrement dans l'appareil. Insérez des tubes factices vides si nécessaire afin de répartir équitablement la pression sur le couvercle chauffé.

Q : Dois-je utiliser des blocs différents pour des plaques à 96 puits avec et sans bordure ?

R : Cela dépend du modèle. Le modèle TC-PLUS 96 puits s'adapte aux plaques PCR avec bordure, demi-bordure, ou sans bordure. Avec les modèles TC-5000 et TC-4000, seuls les blocs FTC51BFD et FTC41BFD conviennent pour les plaques à bordure, car leur profil est légèrement plus haut que les blocs standards. Cependant, ils conviennent également aux plaques à demi-bordure et sans bordure.

Q : Comment la fonction TERS® du modèle TC-PLUS marche-t-elle ?

R : La fonction TERS® exploite la chaleur qui se dégage pendant la phase de refroidissement afin de l'utiliser dans la prochaine phase de réchauffement. En coupant les ventilateurs très peu de temps après la fin de la phase de refroidissement, la chaleur n'est pas évacuée du radiateur, mais est stockée comme énergie thermique. Par conséquent, la chaleur est disponible dès que les éléments Peltier passent du refroidissement au chauffage. Ceci permet un réchauffement plus rapide, qui demande moins d'énergie pour chauffer le bloc, qui fonctionne ainsi de manière plus économique.


Q : Comment fonctionne le redémarrage automatique ?

R : Le redémarrage automatique permet à l'appareil de continuer à fonctionner après une coupure de courant. Avec le modèle TC-PLUS, il est possible de programmer un temps de coupure après lequel l'appareil ne redémarrera pas si le courant est coupé depuis trop longtemps. Si l'appareil fonctionnait à une température programmée lors de la coupure de courant, il retournera à cette température et recommencera le décompte du programme. Si l'appareil suivait une montée en température, il poursuivra la procédure jusqu'à atteindre la prochaine température. Si l'appareil était en pause, il reviendra à la température qu'il maintenait durant la pause.

Q : Je travaille avec une PCR qui fonctionne habituellement correctement, mais quand je l'utilise avec un nouveau thermocycleur, je n'obtiens pas des résultats aussi bons. Pourquoi ?

R : De nombreux facteurs peuvent l'expliquer. Premièrement, si l'ancien thermocycleur n'a pas été étalonné récemment, il peut y avoir suffisamment de différence de température entre les deux appareils pour provoquer l'échec de la réaction. La réaction a probablement été optimisée pour le cycleur d'origine, par conséquent vous devrez peut-être modifier légèrement la température de recuit pour l'adapter au nouveau cycleur. La vitesse de montée en température peut aussi avoir un effet. Utiliser un appareil avec une vitesse de montée en température plus élevée peut mener à une production réduite. Vous pouvez programmer la vitesse de montée en température du nouvel appareil afin de correspondre à l'ancien appareil, ainsi vous verrez s'il y a un effet. Enfin, le profil de température réel du cycleur peut varier de façon significative selon l'âge des appareils, et surtout d'un fabricant à l'autre (c.-à-d. que l'amortissement en température n'est pas nécessairement le même, certains peuvent être programmés pour des températures prévisibles, d'autres peuvent prendre plus de temps pour s'équilibrer à la température de consigne, etc.). En bref, si la PCR est très sensible, vous devrez ré-optimiser la réaction en commençant par la température de recuit (un gradient peut y aider), puis augmenter les temps d'arrêts et peut-être modifier la vitesse de montée en température.

Q : Comment puis-je obtenir des copies des manuels utilisateur pour les thermocycleurs ?

R : Les manuels utilisateur pour tous les modèles actuels sont disponibles au téléchargement à partir des pages produit du site. Pour des modèles plus anciens, veuillez contacter
technehelp@bibby-scientific.com

Q : Comment puis-je calibrer mon bloc thermocycleur ?

R : Notre service après-vente s'en chargera, ou l'une de nos équipes d'ingénieurs expérimentés. Veuillez contacter service@bibby-scientific.com pour plus d'informations. Tous nos équipements d'étalonnage bénéficient de la traçabilité selon UKAS ou NIST selon le composant. UKAS est l'équivalent britannique de NIST.

Q : Comment s'y prendre pour connecter un seul thermocycleur à un ordinateur ?

R : Si un seul cycleur doit être connecté, il faut utiliser un câble RS232 (code de pièce FGEN232). Pour les modèles TC-3000X et TC-3000G, il faut un câble USB (code de pièce 6205046).

Q : Comment connecter plusieurs thermocycleurs à un ordinateur ?


R : Le tableau ci-dessous indique quelle alimentation (quand le TC-512 n'est pas présent dans la chaîne), câbles et convertisseurs sont requis pour différentes installations. Si vous avez besoin d'aide supplémentaire, veuillez contacter l'équipe du Support Technique à technehelp@bibby-scientific.com


Modèle TC Unités complémentaires Nbre d'unités compl. Alimentation Jeu de câbles Convertisseur Câbles supplémentaires
TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 1 FGEN485D FGENTWO FTGEN485 Non nécessaire
TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 3 FGEN485D FGENFOUR FTGEN485 Non nécessaire
TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 9 FGEN485D FGENTEN FTGEN485 Non nécessaire
TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 10 FGEN485D FGENTEN FTGEN485 FGENONE
TC- 512 TC- 512 1 Non nécessaire 6103557 FTGEN485 Non nécessaire
TC- 512 TC- 512 2 Non nécessaire 6103557 FTGEN485 6103557
TC- 512 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 1 Non nécessaire FGENONE FTGEN485 Non nécessaire
TC- 512 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 2 Non nécessaire FGENTWO FTGEN485 Non nécessaire
TC- 512 TC- 3000, TC- 312 ou TC- 412 3 Non nécessaire FGENTWO FTGEN485 FGENONE